Le jeu commence directement après les péripéties de Yakuza 2 sans introduire les persos ou expliquer les précédents évènements: un nouveau venu sera complétement largué. Kiryu Kazuma est de retour, en chemise d'été. Souhaitant définitivement couper les ponts avec son passé mouvementé, il part sur l'ile d'Okinawa avec sa fille adoptive s'occuper d'un orphelinat. Cette 1ère partie du jeu, au rythme nonchalant, casse la routine, ce qui était bien le but. L'ex-yakuza fait montre d'une pédagogie touchante envers ses protégés, et d'une pédagogie douloureuse envers les inconscients menaçant son havre de paix.
Le souci, c'est qu'au lieu de se régler...