Certaines écoles possèdent différents chemins scénaristiques allant jusqu'à modifier la fin de l'histoire de l'école jouée (l'exemple le plus flagrant étant pour l'école de Daigo, Edge et Gan), mais cela est utile aussi pour débloquer certains personnages sous certaines conditions. Il sera obligatoire de faire toutes les histoires de toutes les écoles et déclencher les embranchements scénaristiques spécifiques à certaines écoles pour débloquer le boss final qu'est Demon Hyo.
_Pour la Taiyo Gakuen High School (Batsu, Hinata et Kyosuke), il y a un embranchement scénaristique différent à partir du 2e combat contre l'équipe d'Akira, Zaki et Yurika. Vous devez mettre le combat en deux rounds gagnants pour l'équipe.
Le jeu vous imposera d'office Batsu en tant que personnage principal. Faites en sorte de perdre le round en tant que Batsu et remplacez-le par Hinata ou Kyosuke (SURTOUT ne pas le reprendre par la suite jusqu'à la fin du combat) et gagnez le combat contre l'équipe de filles.
A partir de là, les filles se moqueront de Batsu et ce dernier le prendra tellement mal qu'il s'enfuira, laissant Hinata et Kyosuke seuls. Chair-Person prendra la relève pour le combat suivant. Au moment où Vatsu sera présent et gagnera le premier combat contre vous, Burning-Batsu fera sa ré-apparition. A partir de là, battez Vatsu et terminer l'histoire pour débloquer Burning-Batsu.
Pour l'embranchement scénaristique normal, gagnez le combat contre l'équipe d'Akira en utilisant Batsu ou en le reprenant entre les rounds si vous avez perdu le premier round: le jeu continuera normalement et Burning-Batsu ne sera pas présent jusqu'à la fin du mode Histoire de Batsu, Hinata et Kyosuke.
_Pour la Gedo High School (Daigo, Edge, Gan), il existe une bonne et une mauvaise fin et tout va se déterminer lors du 4e combat quand vous allez affronter pour le première fois Wild-Daigo.
-La bonne fin: Avec n'importe quel personnage, vous devrez utiliser au moins une fois dans le combat, la technique permettant d'utiliser les trois personnages en même temps pour effectuer un coup spécial. Rassurez-vous, Wild-Daigo se laisse souvent avoir.
Si vous avez réussi, la suite de l'histoire se déroulera normalement avec Daigo libéré d'une emprise mystérieuse et redeviendra normal. Vous pourrez alors l'utiliser de nouveau à partir du combat suivant, contre Kurow, Akira et Momo.
-La mauvaise fin: lors du premier combat contre Wild-Daigo, peu importe le personnage utilisé, vous devrez le vaincre sans utiliser une seule fois, la technique spéciale à trois personnages (les attaques à deux personnages en même temps ne sont pas considérés comme une attaque à trois, nécessaire pour débloquer la bonne fin).
Une fois le combat terminé, Wild-Daigo s'échappera et lors du combat suivant avec Kurow et Momo, vous ré-affronterez de nouveau Wild-Daigo et débloquerez la mauvaise fin.
_Pour la Gorin High School (Shoma, Natsu et Roberto), il existe deux embranchements scénaristiques qui apparaîtra lors du 2e combat dans le Gorin Drome, vous aurez le choix entre l'équipe numéro une, composée de Shoma et de Momo ou bien l'équipe numéro deux qui est composée de Natsu et de Roberto.
Suivant l'équipe que vous aurez choisi, la suite de l'histoire se déroulera différemment en terme d'adversaires à combattre mais la fin restera la même quelque soit l'équipe choisie.
Recommencez l'histoire mais en prenant l'autre équipe cette fois-ci pour débloquer le second embranchement scénaristique.
_Pour la Seiyjun High School (Akira, Zaki et Yurika), il existe deux embranchements scénaristiques dont un qui vous permet de pouvoir jouer Powered-Akira si vous battez Wild Daigo sans utiliser la technique spéciale incluant les trois personnages de votre équipe et que vous pourrez sélectionner lors du combat final contre Demon Hyo.
-Pour le second embranchement scénaristique, lorsque vous affrontez pour la première fois Wild-Daigo, vous devez utiliser la technique incluant les trois personnages au moins une fois durant le combat pour libérer Daigo de l'emprise mystérieuse.
Une fois ceci fait, Daigo sera un personnage jouable pour le combat suivant contre Kurow mais dont Yurika ne sera pas sélectionnable (puisqu'elle est dans l'équipe de Kurow).
Lorsque vous aurez vaincu Kurow, Yurika sera de nouveau jouable contre Demon Hyo et débloquerez le second embranchement scénaristique.